Napak tilas ini dimulai tahun 1474 M. Raden Muhammad Ainul Yakin yang selanjutnya lebih dikenal dengan Sunan Giri yang ditemani Syekh Koja dan Syekh Grigis sowan dulu ke Sunan Ampel untuk minta doa restu dan dukungan moral.
Langkah awal yang ditempuh oleh Sunan Giri dalam napak tilas itu adalah ke arah utara Kota Grisse sampai ke Ujung Pangkah.
Pada 1400/1478 Sunan Giri mulai menjelajahi wilayah gunung. Beliau naik ke gunung wilayah timur selatan Grissee. Namun belum apa-apa tiba-tiba ibunya, Nyai Ageng Pinatih sakit keras dan akhirnya wafat. Gunung itu lalu diberi nama Gunung Wurung, karena Sunan Giri mengurungkan tirakatnya dalam proses mencari lahan di gunung tersebut.
Tahun berikutnya, 1401/1479, Sunan Giri naik ke Gunung Kembangan dan di lereng gunung itu Sunan Giri berhasil menggali sumber air yang dahsyat, lalu daerah itu disebut Desa Sumber. Tapi lahan yang cocok dengan tanah Makkiyah dari Pasai belum didapatkan juga.
Tak bosan-bosannya, lalu pada 1402/1480 Sunan Giri naik ke Gunung Petukangan. Dinamai Gunung Petukangan karena Sunan Giri menukangi sendiri pembuatan surau atau langgar pemondokannya di gunung tersebut. Selama hampir setahun Sunan Giri bermukim di Petukangan.
Pada 1403/1481 setelah salat tahajud di Gunung Batang yang bersebalahan dengan Gunung Petukangan, maka Sunan Giri melihat ada cahaya yang sangat kuat dari arah barat pada tempat yang cukup tinggi. Sunan Giri lalu menebak (membathang) bahwa di tempat ada cahaya itulah akan ditemukan lahan yang cocok dengan tanah Makkiyah yang beliau bawa dari Pasai.
Akhirnya menjelang subuh beliau sudah menemukan tempat tersebut yang pada esoknya tempat itu dinamai Giri Kedaton. berarti Sunan Giri melakukan napak tilas mencari Giri Kedaton sejak 1474 dan baru didapatkan pada 1480. masa investigasi sekitar enam tahun.
Namun saat itu gunung tersebut belum dinamai Kedaton. Namanya masih Giri, yang artinya gunung. Raden Muhammad Ainul Yakin akhirnya medapat sebutan Sunan Giri karena menjadi pengasuh pesantren di Giri tersebut.
Tempat Pesantren Giri lalu mendapat sebutan Giri Kedaton ketika Sunan Giri mulai mendeklarasikan tata kota pemerintahan Islami yaitu pada tanggal 12 Rabiul Awwal 894 H / 9 Maret 1487 M. Ketika itu Sunan Giri mendapat gelar Prabu Satmoto, gelar ini anugerah dari para sunan atas prakrasa Raden Patah, jadi nama Giri Kedaton itu mulai ada sejak 9 Maret 1487 M.
Kedaton itu dari asal kata datu (raja) maka Kedaton itu artinya tempat raja (istana). Jadi Giri Kedaton itu artinya adalah Istana Kerajaan Giri.
Sumber: Napak Tilas Giri Kedaton dalam buku GRISSEE TEMPOE DOELOE. Dukut Imam Widodo dan kawan-kawan. Pemerintah Kabupaten Gresik. 2004.